近年来，通过不断加强和完善遂宁工程预算工作，使管理更加深入，遂宁工程预算程序进一步规范，取得了显著的经济效益。但仍存在不少的问题，归纳起来，主要有以下几点。由于受区域和专业限制，评标专家库专家人数较少，对评标工作的开展造成一定影响。现有专家49人，分属14个专业，平均每一专业仅有2－3名专家，人数相对偏少，另外还有18名专家担任副科级以上的领导职务，公务繁忙，难于专心从事评标工作。由于信息不够畅通，不能够了解设备发展的新动向，不能够掌握厂家生产的产品，邀请的投标厂家一般只有3－4家，多数厂家为曾经采用过的产品，一是为配套，二是为稳妥，无形当中就会可能导致违悖尽可能采用新设备、新材料、新工艺原则，不仅难以实现提高投资效益，降低工程成本的目的，而且会直接影响遂宁工程预算的公正性与合法性。个别遂宁工程预算准备工作不充分，不细致。在开标前未认真进行工程图纸会审和市场调研，导致技术要求不准确，从而引起厂家的投标方案和报价与实际有一定出入，影响了遂宁工程预算工作的进度由于技术原因，目前评标专家信息库尚未建成，评标小组的组建尚不能实现微机自动检索，难免受到人为因素的干扰。鉴于上述情况和问题，2003年要继续加强对遂宁工程预算管理工作的领导，进一步完善遂宁工程预算制度，提高人员业务水平，努力降低工程成本，提高经济效益，为企业生产经营工作服务。遂宁工程预算管理工作的具体改进措施是：
结合学院的各项实际情况，工程项目指挥部认为在这次工程设计中应重点关注以下几个问题：资金是否合理，参考遂宁工程预算预算，确保资金合理充足；是否具有实用性，由于行政办公区域规划复杂，更要注重其实用性；人文景观的质量，该学院作为新疆本地的知名院校，其设计需独特新颖，别树一帜。学校建设指挥部与造价咨询公司经过商议，为了保证设计中工作比重的合理分配，先做出了一个单方遂宁工程预算，初步确定将土建、装饰、安装各专业造价按照5:3:2的比例进行了分配。同时指挥部要求设计部严格依照造价规定进行设计，必要的情况下调整造价，也必须保证终的建设施工预算不超过原先投资额。遂宁工程预算的控制对于整个建设工程项目而言举足轻重，它是一门集经济、技术和管理于一体的综合学科，远远超出了经济的范畴。因此，要想确保投资者的经济效益，控制好遂宁工程预算，遂宁工程预算管理是重中之重。在决策阶段的造价控制应做好可行性研究、细致的编制投资估算以及建立财务评价指标体系等来加强造价的控制从而避免造价失控。对于建设项目而言，一旦项目作出决策，项目设计控制就是投资控制的关键。因为设计阶段基本上决定了整个建设项目的造价，是整个建设项目造价控制的关键。因此在项目设计阶段应对各项设计方案进行充分的技术比较分析，努力控制项目投资，采用技术手段和方法进行优化设计以降低造价。
同时对遂宁工程预算关键环节强制实行规范化管理，制订了一系列规范化表格，其中评标阶段就有4项规范表格，整个遂宁工程预算过程涉及规范表格共10项，实现了遂宁工程预算过程的可控与受控，做到每个环节都有记录可查，进一步增强了遂宁工程预算管理的操作性，提高了工作效率。据统计，自“遂宁工程预算管理办法”实行以来，共组织遂宁工程预算12次，其中遂宁工程预算项目预算价在100万元以上的有7个；组织设备材料遂宁工程预算10次，工程遂宁工程预算2次，共涉及遂宁工程预算金额1330多万元，通过遂宁工程预算，终合同确认金额为1260万元，节约资金近80万元，从而有效控制了遂宁工程预算，降低了成本，促进了经营管理工作，提高了企业效益。健全了遂宁工程预算机构，局成立了遂宁工程预算领导小组，遂宁工程预算办和遂宁工程预算纪律监督小组，加强对遂宁工程预算工作的管理。我局成立了局长任组长，经营副局长、生产副局长、行政副局长分别担任副组长的遂宁工程预算领导小组，成员由副总及以上的局领导和企划部主任组成，实现了全局遂宁工程预算工作的统一领导。遂宁工程预算办挂靠企划部，负责项目遂宁工程预算的组织实施和日常管理工作。遂宁工程预算纪律监督小组由纪监、审计人员组成，负责对遂宁工程预算全过程进行监督。由于遂宁工程预算机构健全，有力地促进了遂宁工程预算工作的开展。充实了遂宁工程预算工作人员，加强了遂宁工程预算工作力量。项目遂宁工程预算由遂宁工程预算办组织实施，工作人员主要由企划部主概预算管理、法律顾问及合同管理人员和项目主管部门、纪监室、供应科等部门有关人员组成，人员齐心协力，密切配合，提高了工作效率，保证了遂宁工程预算工作顺利进行。
工程预算建筑规模有时也会不一样。比如规划许可证是10000平米，但是招标文件上是10500平米，中标了和你怎么填？填10500平米，那么就会合规划许可证发生冲突，到时候也会领不了。因此如何判定是有意为之要具体分析。审计部门可能会对造价指标进行比较。如多层框架结构（不带地下室）每平米为多少元。可有的时候，招标单位的建筑面积是按照测绘部门提供的数据，而预算的建筑面积的计算方法有的不能和其接轨，难免会产生误差。那么，由此认为就提高了工程预算也是不妥的。