工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
工程预算工程材料费约占工程总价的60%左右材料价格的高低直接影响工程总造价。随着建筑市场材料价格的开放建筑材料的价格变化很大各种新产品工艺的不断出现使材料的定额预算价与市场价相差较大因此材料价格的审计对工程决算审计非常重要。在审计材料价格时先要确定审计材料的材料种类再审查材料的用量 审查材料价格材料价格应以当地定额站有关部门发布的主要材料市场信息价为依据或经建设单位签字认可的如无以上两种依据必须直接审查施工单位实际采购的材料发票以此来确定材料价格对于跨年度施工周期长的工程项目还应注意其材料价格应按施工当期价格套用避免产生跨期高套现象。对装饰工程中所采用的一些新型材料。
工程预算随着我国经济的迅速发展 加强了基本建设力度在取得巨大成就的同时也出现了一些值得重视的问题。如某些施工单位为了追求自身的利益，在基建工程上营私舞弊，频频出现高估冒算的现象。根据以往工作经验，进行工程决算审计常发现的问题有：多列工程项目、工程量不实、高套定额、乱取费用等问题。为了管理好并合理使用基建资金提高投资效益和维护建设方利益加强基建工程决算的审计工作非常重要。开展工程决算审计主要从以下几个方面入手。
踏勘时应根据施工图纸和招标文件的内容，了解当地地方相关材料的价格、材料的来源、分布、运输的路径、运距；附近土源的情况、甘肃工程预算弃土点的距离；施工水电是否可以在附近租借、管线的长度；是否有进场道路、是否需要实施临时便道；是否有搭设大临设施的场地、具体的位置；施工机具的进场路径等，掌握准确的手资料。选择合理材料价的供应商。对进入施工地点的线路有多种选择的，要考虑选取一条方便、就近的原则下的线路。弃土点的选择也要在满足方便运输的前提下，运距造价小的弃土点等等。只有通过以上的选择，投标人做出的标价才会合理，才能具有竞争力 。由于现在的工程项目部分采用固定单价的形式进行报价，因此，投标人在投标前一定要对招标文件中的工程数量进行复核，对其中经计算工程数量与清单中出入较大者或通过现场踏勘及计算分析可能在施工过程中会发生较大变更者，分析其数量的变化大小、变更的趋势等，对上述项目采取不平衡报价法进行报价。这样，投标人的报价可以在保持总体水平不变的情况下，在施工过程中可能获取更大的利润空间。但是，也有业主在招标文件中明确规定要求投标人报价不允许出现太大的不平衡报价，这时投标人应按照业主要求进行报价，不可盲目采取不平衡报价。