工程预算对分包工程进行全过程跟踪审计是提高分包工程内审质量的主要途径。本文主要通过对分包工程审计质量要素的分析，从内部审计的可操作性和务实角度，提出了在分包工程审计思路和方法，对分包工程内审质量的提高进行了探讨。分包工程作为总承包工程的一个重要组成部分，对分包工程进行全过程跟踪审计主要是以合同为主线，通过事前参与、事中监督、事后评价的全过程跟踪，抓住招标竞价、合同签约、现场变更、材料供应、竣工结算等重点审计要素，实现对分包工程的全过程跟踪审计。
工程预算竣工决算审计依据《审计法》和审计署发《基本建设竣工决算审计工作要求》进行，基建审计内容为（1）竣工决算编制依据；（2）项目建设及概（预）算执行情况；（3）建设成本；（4）交付使用资产；（5）尾工工程；（6）结余资金；（7）基建收人；（8）投资包干结余；（9）投资效益评价。主要根据 的审计法和相关规定，对建设项目竣工决算进行审计，主要审查概（预）算在执行中是否超支，超支原因，有无隐匿资金；隐瞒或截留基建收人和投资包干结余、以及以投资包干结余名义分基建投资之类的违纪行为等等。
工程预算由于工程建设涉及面广和其本身所具有的复杂性，在其建设过程中，不可避免地发生设计变更、材料设备变更等多种引起工程预算变化的情况。对于采取中标价从签证作为结算方式的工程，更应注意增减费用的审查。应注意设计变更的审查。设计变更单是设计单位在施工中发现需要变更的部位，或是由于建设单位需要改变使用功能、装修标准等而发出的变更通知单。它应是由设计单位、建设单位、施工单位、监理单位协商后共用签署的。审查设计变更时，一要应查验手续是否完备；二要判定该项变更是否引起经济利益上的增减变动，因为有的变更只是技术变更，并不引起经济变更。还要注意查阅竣工图，因为对于工程量增加而引起费用增加的项目。
工程预算利用工程定额规定的工作内容进行审查，验证工程决算工程量与定额中规定的工作内容是否一致来确定工程预算的真实性、合理性的一种审计技术方法。如某年我们对某单位一基建项目进行审计，从决算书中查出屋面防水工程子目中SBS防水以包含冷底子油的工作内容及其造价，施工单位报送的决算书中又单独计算冷底子油子目明显多计工程；由于SBS防水卷材铺贴时使用的是热熔法（北方），不需要在做沥青胶泥粘贴，甲方签证4mm的沥青胶泥不属实，SBS防水卷材在制造工艺中已含该部分内容，该建设项目工程决算重复工作内容报价、甲方违背原则不负责任签证工程预算核减10.6万元。