工程预算竣工决算审计依据《审计法》和审计署发《基本建设竣工决算审计工作要求》进行，基建审计内容为（1）竣工决算编制依据；（2）项目建设及概（预）算执行情况；（3）建设成本；（4）交付使用资产；（5）尾工工程；（6）结余资金；（7）基建收人；（8）投资包干结余；（9）投资效益评价。主要根据 的审计法和相关规定，对建设项目竣工决算进行审计，主要审查概（预）算在执行中是否超支，超支原因，有无隐匿资金；隐瞒或截留基建收人和投资包干结余、以及以投资包干结余名义分基建投资之类的违纪行为等等。
工程预算设计部门应当加强以下几个方面的工作：
1）工程预算项目的设计单要严把质量关，保证所提交的工程设计具有较高的质量；
2）应当明确职责并与奖金挂钩，发挥绩效的积极作用；
3）应当有计划有目标地培养技术骨干，通过请专家来对企业员工进行培训、单位工程竣工验收程序：工程竣工验收由建设单位组织勘察、工程预算编制、施工、监理等单位和其他有关方面的专家进行工程验收。（1）单位工程完工后，施工单位自行组织检查评定，并向建设单位提出交工验收投告。（2）建设单位收到工程验收报告后，应由建设单位（项目）负责人组织施工（合分包单位）、工程预算编制、监理等单位（项目）负责人进行单位（子单位）工程验收。
工程预算审查结算工程量计算的准确性。根据经过多部门竣工验收而终确认的工程量和工程量计算规则，审查结算工程量的计算。工程量计算的是否准确直接影响着分包工程的计价。因此，在审查工作量时应正确划分项目，按照施工图的设计说明和 规定的计算规则计算，实事求是的反映真实工程量。审查定额子目套用和费率计取的正确性。首先，检查子目列项的名称、规格、计量单位与地区估价表是否一致，定额换算是否准确；其次，查看定额所列工程内容，检查套用的定额是否重复、高套或错套。审查取费标准或综合单价及费率与分包工程合同价格条款约定是否相符，综合费率是否准确，综合单价是否正确，套用综合单价的工程内容是否重复、交叉、错列。
工程预算当今科技日新月异，高速发展，工作方式的转变应用计算机软件提高工作，是审计工作顺利进行重要的组成部分。在造价领域，各种计算配套软件层出不穷，善于用好相关软件提高审计工作效率，是造价审计人员必备的一项专业技能。审计人员必须在实际工作中，不断学习与完善这种技能，以促进审计造价工作，做的更、更准确。